С осени 2001 года 12 отделений EPFL структурированы по 5 факультетам:

1. Науки о жизни (Factulte SV - Sciences de la vie)

2. Основные науки (Faculte SB - Sciences de base)

Секции:

• Математика (SMA)
  
• Физика (SPH)
• Химия (SCGC)
  

3. Информатика и коммуникационные системы (Faculte I & C - Informatique et communications)

Секции:

• Информатика (SI)
  
• Системы коммуникаций (SSC)

4. Машиностроение и техника (Faculte STI - Sciences et techniques de l'ingenieur)

Секции:

• Mикротехника (SMT)
• Электротехника (SEL)
  
• Механика (SGM)
  
• Материалы (SMX)

5. Архитектура, строительство, технологии окружающей среды (Faculte ENAC - Environnement naturel, architectural et construit)

Секции:

• Архитектура (SAR)
  
• Гражданское строительство (SGC)
  
• Науки и технологии окружающей среды (SSIE)